La compagnia iniziò le sue attività alla fine del 2002, quando rilevò le licenze ed i traghetti della appena fallita Tris traghetti per la rotta Palau – La Maddalena. Dall’aprile del 2003 fu riaperto anche il collegamento Genova – Palau utilizzando la Palau, già Commodore per la Tris. Negli anni successivi la compagnia si rafforzò soprattutto sulla linea Palau – La Maddalena, dove i traghetti ex – Tris furono gradualmente sostituiti da altri più moderni. Nel 2004, il gruppo Moby Lines entrò a far parte di Enermar. Nel 2005 la Enermar effettuò, durante il periodo estivo, il collegamento Chioggia – Spalato (Croazia) tramite la controllata ENERMAR d.o.o. Split, con la nave Dalmatino. L’operazione non fu ripetuta e nel 2006 la linea Genova – Palau fu ceduta alla Di Maio lines, che nel 2007 chiuse il collegamento.
Nell’ottobre 2011, a seguito di un lungo contenzioso con la regione Sardegna a proposito dell’assegnazione delle corse notturne tra Palau e La Maddalena alla rivale Delcomar., la compagnia sospese le proprie attività. Le navi traghetto Agata e Pace furono ormeggiate a Cagliari in segno di protesta contro la regione da parte degli equipaggi.
A inizio 2013 vennero cedute alla Medmar di Napoli la Agata e la Teseo. La compagnia restò quindi proprietaria delle sole Pace e Camogli. In seguito la Enermar, ormai controllata all’80% da Moby, entrò a far parte della nuova Maddalena Lines, controllandone il 30% delle quote; il restante 70% fu invece assegnato alla Navigazione Generale Italiana (N.G.I.). Pace e Camogli furono vendute, la prima alla stessa N.G.I. e la seconda per la demolizione.
Nel 2016 la EneRmaR cessò definitivamente di esistere, venendo liquidata.